明万历年间，朝廷授命世代簪缨的慕容家组建一个处理江湖和庙堂之间事宜的组织，该组织广纳身怀绝技的武林高手，其中不乏少林、武当等豪门，又因为组织所在的衙门东、南、西三面各有两扇门，共计六扇门，被人们称为“六扇门”。本片以少年越飞、吕青锋、霍锦烟、陈思瑶四位少年成长和行侠仗义两条主线交织糅合，讲述了四位少年初长成，再入江湖，经历了战火的洗礼，明白了国家兴亡、匹夫有责的道理，身为练武之人要为国为民出力，抵抗倭寇，四人正式加入六扇门，开始了自己的一段全新的生活。而江湖中的风波却愈演愈烈，一场惊天动地的阴谋此时才缓缓展开，孩子们也要面临更大的挑战，但他们无所畏惧继续并肩同行，最终成为一方少年英雄的故事。