故事发生在黑手党出没的意大利。表面上，“社会福祉公社”是一间专门收容孤苦少女的福利院，但在背地里，他们却以杀手为目标训练这些肢体残缺的女孩。他们将少女们洗脑后进行肢体改造和实战训练，经过改造的女孩们，成为了不折不扣的杀人兵器。其中，要数海瑞塔（南里侑香配音）、莉可（三桥加奈子配音）、崔耶拉（仙台惠理配音）、克拉耶斯（小清水亚美配音）和安琪莉可（寺门仁美配音）五人最为优秀。每个少女都配有一个年长男性作为辅佐官照顾其生活起居。虽然身份是杀手，但她们对自己的辅佐官都有着深厚的信任和感情。少女们的敌人，是被称为“五共和国派”的恐怖组织，他们为了争取自由独立犯下了不择手段的罪行。少女们无法逃脱死亡的悲伤命运，残酷的战斗中，处处显现出这些无依无靠的“工具”们悲哀的身影。

《神枪少女》故事主线造出了完美的视觉效果，动漫以重返童真为核心，整体充满了家族温情和萌芽的爱情，配音宛如天籁，影片的设计为影片增色不少。画风温暖唯美，角色设计创意令人惊叹，剧情在看似轻松诙谐的情节下献予了太多动人的感动，特效真诚而不浮夸，是一部找回自我、保持童真的动画片。