统一历1926年。 谭雅·冯·提古雷查夫少校所率领的帝国军第二〇三航空魔导大队， 在南方大陆发起攻打共和国军残党的战役。 他们期待着凯旋休假，但在本国等待着他们的却是参谋本部的特命。 命令称“联邦国境附近有大规模动员的征兆”。 面临新的巨人的觉醒，不顾一切的帝国军自然地将战果扩大…… 与此同时，联合王国主导的多国籍义勇军踏入了联邦内部。 敌人的敌人即是朋友。 被国家理性所引导，迎来多舛命运的他们之中，有一位少女。 玛丽·苏准尉。 她为了向杀害父亲的帝国讨回正义，而拿起了枪。

《幼女战记剧场版》故事主线非常新颖，动漫以重返童真为核心，整体充满了童真和童趣，配音充沛有张力，影片的设计堪称艺术与娱乐的高度结合。画风空灵优美，角色设计层次与细节分明，剧情看起来完全不幼稚或者沉闷，特效独树一帜，是一部大胆创想，打动人心的动画片。